amici.AMICI
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.. currentmodule:: amici

.. autoclass:: AMICI
   :members:
   :inherited-members:
   :show-inheritance:

   
   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
      :nosignatures:
   
      ~AMICI.__init__
      ~AMICI.convert_legacy_save
      ~AMICI.deregister_manager
      ~AMICI.get_anndata_manager
      ~AMICI.get_attention_patterns
      ~AMICI.get_counterfactual_attention_patterns
      ~AMICI.get_elbo
      ~AMICI.get_expl_variance_scores
      ~AMICI.get_from_registry
      ~AMICI.get_gene_residual_contributions
      ~AMICI.get_latent_representation
      ~AMICI.get_marginal_ll
      ~AMICI.get_neighbor_ablation_scores
      ~AMICI.get_nn_embed
      ~AMICI.get_predictions
      ~AMICI.get_reconstruction_error
      ~AMICI.load
      ~AMICI.load_registry
      ~AMICI.register_manager
      ~AMICI.save
      ~AMICI.setup_anndata
      ~AMICI.to_device
      ~AMICI.train
      ~AMICI.view_anndata_setup
      ~AMICI.view_setup_args
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~AMICI.adata
      ~AMICI.adata_manager
      ~AMICI.device
      ~AMICI.history
      ~AMICI.is_trained
      ~AMICI.summary_string
      ~AMICI.test_indices
      ~AMICI.train_indices
      ~AMICI.validation_indices